Pesantren Terpadu Al-Multazam merupakan sistem pendidikan berjenjang dan berkesinambungan yang terpadu selama 6 tahun, artinya setelah santri menyelesaikan program tingkat menengah pertama dilanjutkan ke tingkat menengah atas ( SMAIT ) Al-Multazam.

Pesantren Terpadu Al-Multazam pada hakekatnya adalah sebuah lembaga yang mengimplementasikan konsep pendidikan Islam berlandaskan Al Qur’an dan As Sunnah. Konsep operasional Pesantren Terpadu Al-Multazam merupakan aku­mulasi dari proses pembudayaan, pewarisan dan pengembangan ajaran agama Islam, budaya dan peradaban Islam dari generasi ke generasi. Istilah “Terpadu” dalam perspektif pesantren/boarding school dimaksudkan sebagai penguat (taukid) dari Islam itu sendiri. Maksudnya adalah Islam yang utuh menyeluruh, integral, tidak parsial, syumuliah bukan juz’iyah. Hal ini menjadi semangat utama dalam gerak da’wah di bidang pendidikan dan sebagai “perlawanan” terhadap pemahaman sekuler, dikotomi, dan juz’iyah.

Dalam aplikasinya Pesantren Terpadu Al-Multazam diartikan sebagai lembaga  yang menerapkan pendekatan penyelenggaraan pendidikan dengan memadukan pendidi­kan umum dan pendidikan agama menjadi satu bangunan kurikulum. Dengan pen­dekatan ini, semua mata pelajaran dan semua kegiatan sekolah formal tidak lepas dari bingkai ajaran dan pesan nilai-nilai Islam. Tidak ada dikotomi, tidak ada keterpisahan, tidak ada “sekularisasi” dimana pelajaran dan semua bahasan lepas dari nilai dan ajaran Islam, ataupun “sakralisasi” dimana Islam diajarkan terlepas dari konteks kemaslahatan kehidupan masa kini dan masa depan. Pelajaran umum, seperti Matematika, IPA, IPS, Bahasa, Jasmani/kesehatan, Keterampilan, TIK dibingkai dengan pijakan, pedoman dan panduan Islam. Sementara pada pelajaran agama, kurikulum diperkaya dengan pendekatan-pendekatan konteks kekinian dan ke­manfaatan, dan kemaslahatan berbasis kepesantrenan.

Pesantren Terpadu Al-Multazam juga menekankan keterpaduan dalam metode pembelajaran sehingga dapat mengoptimalkan ranah kognitif, afektif dan psikomotor. Implikasi dari keterpaduan ini menuntut pengembangan pendekatan proses pembelajaran yang kaya, variatif dan menggunakan media serta sumber belajar yang luas dan luwes. Metode pembelajaran menekankan penggunaan dan pen­dekatan yang memicu dan memacu optimalisasi pemberdayaan otak kiri dan otak kanan. Dengan pengertian ini, pembelajaran di sekolah formal dilaksanakan dengan pendekatan berbasis (a) problem solving yang melatih siswa berfikir kritis, sistematis, logis dan solutif; (b) berbasis krea­tifitas yang melatih siswa untuk berfikir orisinal, luwes (fleksibel), lancar dan  imajinatif. Keterampilan melakukan berbagai kegiatan yang bermanfaat dan penuh maslahat bagi diri dan lingkungannya.

Pesantren Terpadu Al-Multazam juga memadukan pendidikan aqliyah, ruhiyah, dan jasadiyah. Artinya, pesantren berupaya mendidik santri menjadi  anak yang berkembang kemampuan aqal dan intelektualnya, meningkat kualitas keimanan dan ketaqwaannya kepada Allah SWT, terbina akhlaq mulia, dan juga memiliki kesehatan, kebugaran dan keterampilan dalam kehidupannya sehari-hari.

Pesantren Terpadu Al-Multazam memadukan keter­libatan dan partisipasi aktif lingkungan belajar yaitu: sekolah, rumah dan masyarakat. Pesantren berupaya untuk mengoptimalkan dan mensinkronisasi peran guru, orangtua dan masyarakat dalam proses pengelolaan sekolah dan pembelajaran sehing­ga terjadi sinergi yang konstruktif dalam membangun kompetensi dan karakter siswa. Orang tua dilibatkan secara aktif untuk memperkaya dan memberi perha­tian yang memadai dalam proses pendidikan putra-pu­teri mereka. Sementara itu, kegiatan kunjungan atau­pun interaksi ke luar sekolah merupakan upaya untuk mendekatkan peserta didik terhadap dunia nyata yang ada di tengah  masyarakat.