Progaram unggulan yang dikembangkan dalam sistem pembelajaran di SMPIT AL-MULTAZAM adalah sebagai berikut:
- Kelas Billingual
- Tahsin dan Tahfizhul Qur’an (hafal 5 Juz)
- Aktif berbahasa Inggris dan Arab
- Ekskul/Olah Raga/Seni Prestasi
- Penguasaan Teknologi Informasi Komputer dan Internet
- Bina prestasi melalui MIPA Club
- Arabic and English Club
- Implementasi cara hidup Islami
- Bimbingan dan Praktek ibadah
- Bimbingan intensif dari para musyrif/guru pendamping
- Bimbingan karir/konseling
- Sistem pembelajaran berbasis pesantren
Indikator Unggul :
- Unggul dalam pengembangan kurikulum, peningkatan kegiatan kurikuler dan ekstrakurikuler, peningkatan pengelolaan penilaian, dan peningkatan mutu lulusan
- Unggul dalam suasana pembelajaran yang menantang, menyenangkan, komunikatif, tanpa takut salah, dan demokratis.
- Unggul dalam nilai kecerdasan, cinta ilmu dan keingintahuan peserta didik dalam bidang akademik mapun non akademik
- Unggul dalam budaya gemar membaca, rasa ingin tahu, bertoleransi, bekerjasama, saling menghargai, disiplin, jujur, kerja keras, kreatif dan inovatif.
- Unggul dalam kepedulian sosial dan lingkungan, cinta damai, cinta tanah air, semangat kebangsaan, hidup demokratis dan berdisiplin
- Unggul dalam sopan santun, sikap dan perilaku religius serta dalam aktifitas keagamaan