Dasar Pemikiran didirikannya SMPIT Al-Multazam bernaung pada Q.S Al-Mujadilah ayat 11
“…Niscaya Allah akan meninggikan orang-orang yang beriman di antara kamu dan orang-orang yang diberi ilmu pengetahuan beberapa derajat. Dan Allah Maha Mengetahui apa yang kamu kerjakan”.
Pondok Pesantren Terpadu Al-Multazam menerapkan sistem pendidikan berjenjang dan berkesinambungan yang terpadu selama 6 tahun, artinya setelah santri menyelesaikan program tingkat menengah pertama (SMPIT) dilanjutkan ke tingkat menengah atas (SMAIT).
Pondok Pesantren Terpadu Al-Multazam pada hakekatnya adalah sebuah lembaga yang mengimplementasikan konsep pendidikan Islam berlandaskan Al Qur’an dan As Sunnah. Konsep operasional Pondok Pesantren Terpadu Al-Multazammerupakan akumulasi dari proses pembudayaan, pewarisan dan pengembangan ajaran agama Islam, budaya dan peradaban Islam dari generasi ke generasi. Istilah “Terpadu” dalam perspektif pesantren/boarding school dimaksudkan sebagai penguat (taukid) dari Islam itu sendiri. Maksudnya adalah Islam yang utuh menyeluruh, integral, tidak parsial, syumuliah bukan juz’iyah. Hal ini menjadi semangat utama dalam gerak da’wah di bidang pendidikan dan sebagai “perlawanan” terhadap pernahaman sekuler, dikotomi, dan juz’iyah.
Dalam aplikasinya Pondok Pesantren Terpadu Al-Multazam diartikan sebagai lembaga yang menerapkan pendekatan penyelenggaraan pendidikan dengan memadukan pendidikan umum dan pendidikan agama menjadi satu bangunan kurikulum. Dengan pendekatan ini, semua mata pelajaran dan semua kegiatan sekolah formal tidak lepas dari bingkai ajaran dan pesan nilai-nilai Islam. Tidak ada dikotomi, tidak ada keterpisahan, tidak ada “sekularisasi” dimana pelajaran dan semua bahasan lepas dari nilai dan ajaran Islam, ataupun “sakralisasi” dimana Islam diajarkan terlepas dari konteks kemaslahatan kehidupan masa kini dan masa depan. Pelajaran umum, seperti matematika, IPA, IPS,Bahasa, Jasmani/kesehatan, Keterampilan, TIK dibingkai dengan pijakan, pedoman dan panduan Islam. Sementara di pelajaran agama, kurikulum diperkaya dengan pendekatan-pendekatan konteks kekinian dan kemanfaatan, dan kemaslahatan berbasis kepesantrenan.
Pondok Pesantren Terpadu Al-Multazam juga menekankan keterpaduan dalam metode pembelajaran sehingga dapat mengoptimalkan ranah kognitif, afektif dan psikomotor. Implikasi dari keterpaduan ini menuntut pengembangan pendekatan proses pembelajaran yang kaya, variatif dan menggunakanmedia serta sumber belajar yang luas dan luwes. Metode pembelajaran menekankan penggunaan dan pendekatan yang memicu dan memacu optimalisasi pemberdayaan otak kiri dan otak kanan. Dengan pengertian ini, pembelajaran di sekolah formal dilaksanakan dengan pendekatan berbasis (a) problem solving yang melatih siswa berfikir kritis, sistematis, logis dan solutif; (b) berbasis kreatifitas yang melatih siswa untuk berfikir orsinal, luwes (fleksibel) dan lancar dan imajinatif. Keterampilan melakukan berbagai kegiatan yang bermanfaat dan penuh maslahat bagi diri dan lingkungannya.
Pondok Pesantren Terpadu Al-Multazam juga memadukan pendidikan aqliyah, ruhiyah, dan jasadiyah. Artinya, pesantren berupaya mendidik santri menjadi anak yang berkembang kemampuan aqal dan intelektualnya, meningkat kualitas keimanan dan ketaqwaannya kepada Allah SWT, terbina akhlaq mulia, dan juga memiliki kesehatan, kebugaran dan keterampilan dalam kehidupannya sehari-hari.
Pondok Pesantren Terpadu Al-Multazam memadukan keterlibatan dan partisipasi aktif lingkungan belajar yaitu: sekolah, rumah dan masyarakat. Pesantren berupaya untuk mengoptimalkan dan mensinkronisasi peran guru, orangtua dan masyarakat dalam proses pengelolaan sekolah dan pembelajaran sehingga terjadi sinergi yang konstruktif dalam membangun kompetensi dan karakter siswa. Orang tua dilibatkan secara aktif untuk memperkaya dan memberi perhatian yang memadai dalam proses pendidikan putra-puteri mereka. Sementara itu, kegiatan kunjungan ataupun interaksi ke luar sekolah merupakan upaya untuk mendekatkan peserta didik terhadap dunia nyata yang ada di tengah masyarakat.